1、分子量定量

　　對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNAMarker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結(jié)果較肉眼觀察估計要準確很多。此方法也適用于對PAGE蛋白膠條帶的分子量測定。

　　2、密度定量

　　一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。利用凝膠成像系統(tǒng)和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標準條帶進行密度標定以后,可以方便的單擊其他未知條帶，根據(jù)與已知條帶的密度做比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PAGE蛋白膠條帶的濃度測定。

　　3、密度掃描

　　在分子生物學(xué)和生物工程研究中,常用到的是對蛋白表達產(chǎn)物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統(tǒng)的方法是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件，結(jié)合白光照射的凝膠成像獲取圖片，就能完成此項工作。

　　4、PCR定量

　　PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數(shù)。就此功能而言，與密度掃描類似，但實際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進行相對密度定量并計算其占總和的百分數(shù)，密度掃描時對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分。